Систематика - раздел биологии, изучающий организмы с точки зрения их морфологического сходства и различия, выявляющий общие признаки и степень родства между организмами на основе их происхождения (филогенеза) и исторического развития, распределяющий организмы по группам - систематическим категориям. Установление естественнонаучной классификации (систематики) живых организмов значительно облегчает их изучение. Необходимость же изучения микроорганизмов во всем многообразии их жизненных проявлений и взаимных связей настоятельно потребовала установления определенных таксономических категорий и в мире микробов. Однако создание естественнонаучной классификации микробов оказалось чрезвычайно затруднительным.

Особенно большие трудности встречаются в систематике бактерий вследствие недостаточности наших знаний об исторических путях их развития, а также из-за кажущейся простоты и элементарности внешней организации бактерий, к тому же зависящей от среды.

Основой классификации является вид - основная единица эволюционного развития органической природы. Определение вида микроорганизма - задача, гораздо более сложная, чем определение вида высших растений или животных. Ботанику или зоологу иногда бывает достаточно беглого взгляда, чтобы определить видовую принадлежность данного растения или животного; микробиологу же для этого приходится проделывать серию кропотливых микробиологических исследований. Сначала устанавливают основные признаки изучаемого микроба. По этим признакам микроб идентифицируют (отождествляют) по определителю с ранее описанными видами и находят его место в классификации микробов.

Понятие о виде является очень важным и вместе с тем сложным вопросом в систематике микроорганизмов. Вид у микробов на основе современных данных науки рассматривают как совокупность родственных организмов: а) имеющих общий корень происхождения; б) обособленных в результате отбора; в) приспособленных к определенной среде обитания; г) обладающих сходным обменом веществ, характером межвидовых отношений; д) близких между собой по морфологическим, физиологическим признакам и генетическому аппарату. Для патогенных видов микробов учитывают также способность вызывать в организме животных и человека образование определенных защитных веществ - антител (К. Пяткин).

Морфологические признаки микроорганизма - это признаки, наблюдаемые непосредственно под микроскопом на живых и мертвых препаратах: форма, размеры и естественное сочетание клеток, способность к движению, спорообразованию, расположение спор в клетке, способность к образованию капсул. Так как указанные признаки однообразны, они позволяют определить только родовую принадлежность исследуемого микроба (бактерии, бациллы, микрококки, стрептококки и пр.).

Культуральные признаки - это признаки, получаемые при наблюдении за развитием культуры данного микроба в различных питательных средах. По характеру культуральные признаки частично состоят из морфологических признаков (форма, цвет, блеск колонии на поверхности твердой питательной среды или в ее толще, характер краев колонии, ее строение, рост микроба в мясопептонном бульоне и пр.) и физиологических признаков (особенности питания и дыхания, отношение к температуре, характер продуктов обмена, способность свертывать молоко, разжижать желатину и пр.).

Только полное выявление всей совокупности морфологических и культуральных признаков микроорганизма дает возможность определить его видовую принадлежность и отличить от близких видов. Таким образом, для получения наиболее полной видовой характеристики микроорганизма, кроме микроскопирования, хотя приемы его тонки и сравнительно быстро выполняются, необходимы самые широкие и разносторонние наблюдения за развитием изучаемой культуры микроба, а для патогенных микробов - еще и целая серия специфических бактериологических анализов.

Наименование видов микробов в микробиологии дается по принципу двойной (бинарной) номенклатуры, предложенной еще Карлом Линнеем. Согласно этой номенклатуре каждый вид микроба имеет родовое и видовое название. Родовое название пишется с прописной буквы, видовое - со строчной. Виды объединены в роды, роды в еще более высокие системные категории - семейства, семейства - в порядки, порядки - в классы и отделы. Родовое название микроба обозначает либо какой-то морфологический признак, либо фамилию открывшего его ученого. Видовое название чаще всего касается цвета, наиболее вероятного места обитания микроба или означает возбуждаемую микробом болезнь и пр. Например, название Bacillus subtilis указывает, что микроорганизм является спорообразующей палочкой, окрашивающейся по Граму (свойства рода Bacillus), a subtilis по-латыни «сено», т.е. «палочка сенная»; Escherichia colii - кишечная палочка; Escherichia - по фамилии знаменитого немецкого ученого Эшериха; colitis - отдел толстой кишки; Clostridium botulinum - спорообразующая палочка, развивающаяся только в отсутствие кислорода (свойства рода Clostridium); botulus - по-латыни «колбаса» (микроб был впервые обнаружен в колбасных изделиях) и т.д.

Классификация бактерий

Одну из первых систем классификации бактерий разработал Ф. Кон в 1872 г. В основу этой системы был положен исключительно морфологический принцип. В 1897 г. Мигула предложил систему, в которой, кроме морфологических признаков, учитывались и некоторые физиологические, например фиксация азота. В 1909 г. Орла-Иенсен создал систему, в основу которой был положен главным образом физиологический принцип. В 1896 г. К. Леманом и Р. Нейманом была разработана классификация бактерий, положившая начало созданию научно обоснованной систематики микробов. Классификация бактерий Лемана и Неймана постепенно совершенствовалась самими авторами. Как более удачная из всех предложенных классификаций, наиболее четкая и достаточно простая, с определенными изменениями и дополнениями она используется для практических нужд в пищевой микробиологии и в настоящее время.

В медицинской микробиологии принята систематика бактерий, предложенная комитетом американских бактериологов. В определителе, вышедшем в 1924 г. под редакцией Д. Бердже, все бактерии (класс Schizomycetes - дробящиеся грибы) разделены на 10 порядков, каждый порядок делится на семейства, семейства - на роды, роды - на виды. В этом определителе описано более 1500 видов бактерий. Классификация Бердже, однако, не лишена недостатков. В частности, в ней не учитывается изменчивость микробов и их эволюционное развитие. Кроме того, вид микроорганизма рассматривается не как качественный этап развития живой природы, а «как понятие, принятое в систематике».

Советский ученый, член-корреспондент АН СССР Н. А. Красильников (1949) систематизирует микроорганизмы с учетом их происхождения и эволюционного развития и приводит общепринятое описание свыше 6000 видов микроорганизмов (бактерий и актиномицетов). Это наиболее продуманная и полная классификация среди предложенных современных систематик, учитывающая как морфологические, так и культуральные признаки микробов.

Ниже приводится наиболее простая, удовлетворяющая требованиям практики систематика бактерий Лемана и Неймана с соответствующими изменениями и дополнениями. В этой систематике в основу деления бактерий на семейства положена внешняя форма клеток и способность к спорообразованию. Деление на роды осуществляется по признаку расположения делящей перегородки и степени извитости клетки. Видовая принадлежность определяется на основе культуральных (и физиологических) признаков.

Все бактерии и актиномицеты по классификации Лемана и Неймана отнесены к одному классу дробящихся грибов Schizomycetes, разделенному на два порядка: 1) истинные, или настоящие, дробящиеся грибы - шизомицеты (Schizomycetales) и 2) лучистые грибки - актиномицеты (Actinomycetales).

Порядок шизомицеты включает шесть семейств.

I. Семейство кокковых (сем. Соссасеае). К этому семейству отнесены шаровидные бактерии, размножающиеся простым делением. Спор кокки не образуют, по Граму окрашиваются положительно, хотя в редких случаях встречаются и грамотрицательные виды. Это - неподвижные микроорганизмы, на твердых средах образуют как бесцветные, так и окрашенные колонии.

Семейство кокковых подразделяется на следующие роды:

1) микрококки (Micrococcus);

2) стрептококки (Streptococcus);

3) сарцины (Sarcina);

4) стафилококки (Staphylococcus);

5) тетракокки (Tetracoccus);

6) диплококки (Diplococcus).

II. Семейство бацилл (сем. Bacillaceae). В это семейство включены спороносные палочки, обычно грамположительные, подвижные, имеющие жгутики. Встречаются, однако, формы, у которых подвижность не обнаружена. В семейство входят два рода:

1) род бацилл (Bacillus). Спорообразующие палочки, развивающиеся при доступе кислорода воздуха;

2) род клостридий (Clostridium). Спорообразующие палочки, развивающиеся без доступа кислорода воздуха.

III. Семейство бактерий (сем. Bacteriaceae). Неспороносные грамотрицательные подвижные палочки. Жгутование в большинстве случаев перитрихиальное; размножаются делением. В семейство включен род бактерий (Bacterium).

IV. Семейство десмобактерий (сем. Desmobacteriaceae). Сюда включены многоклеточные бактерии, имеющие вид длинных нитей из сцепленных между собой клеток. Из десмобактерий важное значение имеют серобактерии и железобактерии, принимающие участие в превращениях серы и железа в природе.

V. Семейство спирилл (извитых бактерий) (сем. Spirillaсеае). Сюда относится род вибрионов (Vibrio) и род спирилл (Spirillum).

VI. Семейство спирохет (сем. Spirochaetaceae). Подразделяется семейство на несколько родов; некоторые из родов являются патогенными для человека. Основной род - спирохеты (Spirochaeta).

Порядок актиномицеты (Actinomycetales). Бактерии этого порядка называют также лучистыми грибками, они относятся к одноклеточным микроорганизмам. Актиномицеты широко распространены в природе. Особенно часто встречаются они в почве, на различных животных и растительных остатках; могут вызывать порчу пищевых продуктов с образованием специфического землистого запаха.

Тело актиномицетов состоит из мицелия, имеющего вид ветвящихся несептированных нитей (гиф) (рис. 16). Иногда мицелий ветвится слабо. При развитии актиномицетов на питательных средах одна часть мицелия погружена в субстрат, другая находится в воздухе над субстратом в виде пушистого «воздушного мицелия». Однако отдельные представители этого порядка могут иметь и гладкую поверхность.

У молодых клеток актиномицетов цитоплазма имеет вид однородной массы, содержащей отдельные зерна хроматина (ядерного вещества). При старении клеток в их цитоплазме появляются вакуоли, капельки жира. Оболочка клеток становится хрупкой, легко разрушается, причем наступает частичный лизис (растворение) клеток.

Дифференцированного ядра в клетках актиномицетов не обнаружено. Размножаются актиномицеты конидиями (экзоспорами), которые легко отшнуровываются на воздушных нитях мицелия. Колонии актиномицетов различны по величине и окраске (могут быть черными, бурыми, красными, зелеными и др.).

К актиномицетам относятся туберкулезные, дифтерийные бактерии. Некоторые актиномицеты вызывают тяжелые заболевания у человека и животных, сопровождающиеся разрушением тканей и костей (актиномикозы). Есть среди актиномицетов и такие формы, которые вырабатывают специфические вещества, губительно действующие на другие микроорганизмы. Эти вещества получили название антибиотиков (например, стрептомицин, вырабатываемый из лучистого грибка Actinomyces globisporus streptomycini). Антибиотики находят широкое применение в качестве лечебных препаратов.

Классификация грибов

Изучение плесневых грибов все время шло параллельно с изучением бактерий. Это объясняется тем, что плесневые грибы чрезвычайно широко распространены в природе. Особенно богат спорами плесеней воздух. Кроме того, плесневые грибы бывают причиной загрязнения бактериальных культур, так что бактериологам приходится с ними очень часто встречаться. По морфологическим и физиологическим признакам грибы подразделяются на пять классов.

I класс - архимицеты (Archimycetes). Это низшие, наиболее просто устроенные грибы. Они совершенно лишены мицелия. Вегетативное развитие грибов осуществляется за счет голого или в более позднем возрасте защищенного оболочкой комочка цитоплазмы. Размножаются архимицеты спорами и посредством подвижных одножгутиковых зооспор.

II класс - фикомицеты (Phycomycetes). Этот класс включает грибы, имеющие несептированный многоядерный мицелий и способные размножаться как половым, так и бесполым путем. При половом размножении у части фикомицетов, объединенных в подкласс оомицетов (Oomycetes), происходит слияние двух дифференцированных клеток (мужской и женской) с образованием ооспоры. Другая часть фикомицетов отнесена к подклассу зигомицетов (Zygomycetes). У них при половом размножении происходит слияние двух недифференцированных клеток с образованием зигоспоры.

Из оомицетов наибольшее значение имеет возбудитель заболевания стеблей и клубней картофеля, баклажанов, томатов - фитофтора (Phytophthora infestans) и гриб, вызывающий заболевание винограда, - милдью, получивший название плазмопары (Plasmopara viticola). При бесполом размножении у оомицетов очень часто образуются подвижные зооспоры, снабженные одним жгутиком.

Типичными представителями зигомицетов являются грибы семейства мукоровых (Mucoraceae), роды мукор, ризопус, тамнидиум. Бесполое размножение у них осуществляется неподвижными спорангиеспорами. У рода мукор (Mucor) образуются крупные спорангии на одиночных или ветвящихся спорангиеносцах. У рода ризопус (Rhizopus) возникают окрашенные в темно-бурый цвет неветвящиеся спорангиеносцы, растущие кустиками. У основания такого кустика спорангиеносцев появляются тонкие корневидные отростки гиф - ризоиды. Ризопусы стелются по поверхности субстрата при помощи длинных гиф - столонов, напоминающих усики клубники. У грибов рода тамнидиум (Thamnidium) возникают два типа спорангиев. На вершине спорангиеносца образуется крупный многоспоровый спорангий, а на боковых ветвях этого же спорангиеносца развиваются мелкие спорангиоли с относительно небольшим количеством спор. В классе фикомицетов насчитывается до 700 видов грибов. Многие фикомицеты являются возбудителями порчи пищевых продуктов.

III класс - сумчатые грибы (Ascomycetes). Этот класс подразделяется на два порядка: первичносумчатые, или голосумчатые, грибы (Protascales), у которых сумки растут непосредственно на мицелии без образования специального плодового тела, и сложносумчатые, или плодосумчатые, грибы (Plectascales).

К голосумчатым грибам относятся дрожжи. Классификация дрожжей приведена ниже. Из мицелиальных голосумчатых грибов наиболее важным представителем является род эндомицес (Endomyces vernalis), получивший название жировых дрожжей из-за способности накапливать в клетках большое количество жира. Мицелий гриба рода эндомицес очень часто распадается на отдельные клетки, размножающиеся, как и дрожжи, почкованием.

К плодосумчатым грибам относятся аспергилловые, пеницилловые плесневые грибы, а также распространенные возбудители болезней плодов, овощей, злаков: спорынья (Claviceps purpurea), склеротиния (Sclerotinia libertiana), ценные съедобные грибы - трюфели и сморчки. Вообще к аскомицетам относится до 20 тысяч видов, различных по строению и свойствам.

IV класс - базидиомицеты (Basidiomycetes). Грибы этого класса также способны размножаться как половым, так и бесполым путем. Основным органом полового размножения у них является базидия с базидиоспорами. Базидиомицеты - обширная группа грибов, насчитывающая около 20 тыс. видов. В этот класс входят следующие грибы:

шляпочные, плодовое тело которых представляет собой шляпку, прикрепленную к ножке; с внутренней стороны шляпки между радиально расходящимися пластинками или в трубках располагаются базидии; многие шляпочные грибы съедобны, но встречаются и ядовитые;

домовые, важнейшим представителем которых является энергичный разрушитель древесины - гриб Merulius lacrymans («плачущий»);

трутовики родов фомес (Fotnes) и полипорус (Polyporus), развивающиеся в виде лопатовидных или веерообразных наростов на стволах пораженных деревьев и на мертвой древесине (нарост - многолетнее плодовое тело);

V класс - несовершенные грибы (Fungi imperfecti). К этому классу относится до 25 тысяч видов многоклеточных грибов, у которых не обнаружено полового размножения. Эти грибы размножаются либо посредством конидий (большинство), либо с помощью оидий, а некоторые вообще не имеют никаких органов размножения. Конидиеносцы у несовершенных грибов развиваются на мицелии либо группами, либо одиночно. Наиболее важные роды этого класса: оидиум, ботритис, фузариум, кладоспориум, альтернария, катенулария, монилия (рис. 17).

У рода ботритис (Botrytis) древовидноветвящиеся конидиеносцы заканчиваются массой мелких конидий, которые образуют скопления, напоминающие виноградную гроздь. Конидии окрашены в серый цвет. Ботритис вызывает шейковую гниль репчатого лука, а также серую гниль плодов, овощей (моркови, капусты, томатов), винограда, малины, земляники. Botrytis cinerea совместно с другими грибами является возбудителем кагатной гнили сахарной свеклы.

Отдельные виды фузариума образуют гиббереллиновую кислоту, которая обладает ярко выраженной способностью активировать рост ряда растений. Получаемые препараты гиббереллиновой кислоты в последнее время нашли применение в сельском хозяйстве как стимуляторы роста растений.

У рода альтернария (Alternaria) на коротких боковых ветвях вегетативных гиф, играющих роль конидиеносцев, образуются одиночные или соединенные короткими цепочками многоклеточные конидии, имеющие округло-грушевидную или заостренно-вытянутую форму. Мицелий гриба почти черного цвета. Альтернария вызывает черную гниль различных корнеплодов (моркови, петрушки). Порча проявляется в виде темных, почти черных вдавленных пятен, разбросанных по поверхности корнеплода.

Кладоспориум (Cladosporium) имеет прямостоящие конидиеносцы, на них развиваются быстро опадающие конидии разнообразной формы (округлые, овальные или вытянутые). Конидии у кладоспориума могут иметь одну или несколько перегородок или не иметь их совсем. Мицелий и конидии кладоспориума окрашены в темно-оливковый цвет. Чаще всего кладоспориум вызывает порчу пищевых продуктов - мяса; масла, сыров, яиц, образуя на поверхности этих продуктов трудно удаляемые черные пятна.

На медленно растущих колониях катенуларии (Catenularia) настоящие конидиеносцы не возникают. На концах обыкновенных гиф образуются очень длинные цепочки мелких блестящих темно-коричневых конидий, похожих на ожерелье. Catenularis fuliginea («шоколадная плесень») вызывает порчу сгущенного молока с сахаром, образуя в нем комки и подушечки шоколадного цвета.

Грибы рода фома (Phoma) образуют пикниды, окрашенные в черный цвет. Внутри пикнид появляются очень короткие конидиеносцы, несущие мелкие бесцветные споры. Отдельные представители этого рода вызывают сердцевинную гниль свеклы (Phoma betae) и порчу сливочного масла (Phoma pigmentivora).

Грибы рода монилия (Monilia) представляют собой как бы переходную форму от одноклеточных почкующихся грибов к многоклеточным. Размножаются они почкованием, которое напоминает развитие дрожжей. При этом возникают яйцевидные дрожжеподобные конидии. Выше указывалось, что отдельные представители рода Monilia являются возбудителями плодовой гнили семечковых и косточковых плодов. Вид Monilia murmanica используется для производства кормовых (белковых) дрожжей.

Классификация дрожжей

Классификация дрожжей основана на различии их физиологических признаков и способов размножения (почкования, деления, спорообразования). В 1954 г. В. И. Кудрявцевым была разработана классификация истинных дрожжей.

Истинные дрожжи объединены в семейство сахаромицетов (Saccharomycetaceae) - сахарных грибков. Это культурные, важные в хозяйственно-техническом отношении дрожжи. Размножаются они почкованием; спорообразование протекает как после копуляции клеток, так и партеногенетически. Споры имеют шарообразную форму, покрыты одной оболочкой.

Основной род сахаромицес (Saccharomyces). По способности сбраживать глюкозу, сахарозу, мальтозу, лактозу, виды этого рода разделены на шесть сахарных групп.

Пивные и хлебопекарные дрожжи, дрожжи, используемые в спиртовой промышленности, отнесены к виду церевизиа (Sacch. cerevisiae), винные дрожжи - к виду сахаромицес эллипсоидеус (Sacch. ellipsoideus). Оба эти вида разделяются на очень большое количество рас. Расы различаются между собой определенными свойствами - энергией брожения, количеством образуемого спирта, подъемной силой и пр. Определенные свойства дрожжевых рас учитываются в соответствующем производстве, так как являются важным условием для получения продукта высокого качества.

Ложные дрожжи объединены в семейство несахаромицетов (Non-Saccharomycetaceae). Эти дрожжи также размножаются почкованием, но спор не образуют. Наиболее важными являются роды торула (Torula), микодерма (Mycoderma) и эндомицес (Endomyces).

Задачи систематики показать степень родства между организмами и эволюционную связь. Принципы классификации изучает – таксономия (от греч. taxis-расположение, homos – закон) Основные таксономические единицы в систематики микроорганизмов следующие:

• Царство в основе тип клеточной организации (прокариоты, эукариоты, вирусы)
• Отдел – бактерии
• Класс
• Порядок
• Семейство

Основная таксономическая единица в микробиологии вид, род, семейство.

Вид – бактерии это совокупность микроорганизмов одного генотипа, которые в одинаковых условиях имеют одинаковые фенотипические признаки. Например: Salmonella typhi (род, вид). В пределах одного вида отдельные признаки. Отдельные свойства могут варьировать, поэтому внутри вида могут вида могут определятся под виды (морфологические варианты, биоварианты, хемоварианты, фаговары, серовары(отличаются по антигенным свойствам)).

Установление принадлежности к роду и виду называется идентификацией бактерий. Для идентификации необходимо изучить все свойства микроорганизмов, обнаружить эти свойства в мире микроба. Идентификация микроорганизма происходит по набору следующих свойств: тинкториальный, кульруральных, биохимических, факторов патогенности, антигенных свойств и отношение к фагам. Для облегчения идентификации предложены специальные идентификационные ключи для определенных групп микроорганизмов это наборы признаков для микроорганизма – семейства, рода и вида. Идентификации подвергаются исключительно чистые культуры организма.

ЧКМ – микробы одного вида выращенные в лабораторных условиях на искусственных питательных средах.

Штамм – чистая культура выделенная из конкретного источника, либо чистая культура выделенная из одного источника, но в разное время.

Клон – чистая культура микробов полученная из одной бактериальной клетки

Популяция микробов – совокупность особей одного вида длительно существующих на определенной территории и изолированных от других особой того же вида, популяция единица эволюции. Например популяция сальмонеллы тифи северных регионов отличается от обитающих в южных регионов.

Генетическая таксономия

Идентификация бактерий на основании генетического родства. В основе определение генетических структур клетки — ДНК, внехромосомных структур – плазмиды, транспазоны. Доказано что состав основавний ДНК витоспецифичны т.е. определяется процентное содержание ГЦ от общего содержание всех оснований это может иметь значении е для определение вида. Определяется сходство или комплементарность кислот между различными организмами методом гибридизации. Устанавливают гомологию последовательности нуклеиновых кислот. Этим методом определяют родство между микроорганизмами. % сходства одного порядка равен 80%, для семейства 90%, рода 95% для вида почти 100%.

Первый труд в котором были описаны и классифицированы бактерий был составлен Берджи в 1923 г. В нем бактерии разделены на 25 группы. Патогенные всего 20 групп. В определителе бактерии разделены на Gracilicutes – тонкостенные, Firmicutes — толстостенные, Teniricutes – мягкотелые.

Проблема происхождения и эволюции микроорганизмов очень сложна. Еще в 1886 г. немецкий биолог Э. Геккел предложил выделить микроорганизмы, у которых отсутствует дифференцировка на органы и ткани (простейшие, грибы, бактерии), в отдельное царство — Protista (протесты, первосущества), включив в него организмы, во многих отношениях занимающие промежуточное положение между растениями и животными. В дальнейшем с учетом строения клеток протисты были подразделены на две четко разграниченные группы — высшие и низшие. У высших протистов клетки сходны с растительными и животными клетками, это — эукариоты. К ним отнесены микроскопические водоросли (кроме сине-зеленых), микроскопические грибы (плесени и дрожжи). К низшим отнесены протисты, клетки которых по строению существенно отличаются от всех других организмов (бактерии и сине-зеленые водоросли), это — прокариоты.

В эукариотных клетках есть вторичные полости. Ядерная мембрана, отграничивающая ДНК от остальной цитоплазмы, формирует вторичную полость. Эукариоты имеют истинное ядро, рибосомы более крупные, геном представлен набором хромосом, которые при митозе удваиваются и распределяются между дочерними клетками.

Прокариоты не имеют окруженного мембраной ядра. Ядерная ДНК в виде замкнутой в кольцо молекулы свободно располагается в цитоплазме. Клеточная стенка (за исключением микоплазм) содержит пептидогликан (мурсин), который не встречается у эукариот.

В этой связи было предложено выделить все прокариоты в особое царство — Procaryotae. В царство Eycaryotae включены все высшие протисты, растения и животные.

Систематика (таксономия) — наука, занимающаяся вопросами классификации, номенклатуры и идентификации микроорганизмов. Задачей классификации является объединение микроорганизмов с общими свойствами в определенные группы (таксоны). Номенклатура — система наименований, применяемых в определенной области знаний. Идентификация — отнесение микроорганизмов к определенному таксону (виду) на основании конкретных признаков.

Для того чтобы отнести микроорганизм к той или иной таксономической группе, необходимо определить основные его признаки: морфологию, подвижность, окраску по Граму, наличие капсулы и способность к образованию эндоспор, культурально-биохимические свойства и некоторые другие признаки. В классификации для группирования родственных организмов используют следующие таксономические категории: царство (regnum), отдел (divisio), секцию (section), класс (classis), порядок (ordo), семейство (familia), род (genus), вид (species).

В соответствии с новым кодексом номенклатуры бактерий, введенным с 1 января 1980 г., название микроорганизмам присваивается в соответствии с правилами Международного кодекса номенклатуры бактерий. В микробиологии, как и в биологии, для обозначения видов бактерий принята двойная (бинарная) номенклатура, предложенная еще в XVIII в. К. Линнеем. Первое слово название рода. Обычно это латинское слово, оно пишется с прописной буквы и характеризует какой-либо морфологический или физиологический признак либо фамилию ученого, открывшего этот микроб. Второе слово пишется со строчной буквы. Оно обозначает видовое название микроорганизма и, как правило, представляет собой производное от существительного, дающего описание цвета колонии, источника происхождения микроорганизма, вызываемого им процесса или болезни и некоторых других отличительных признаков. Например, Escherichia coli указывает, что микроб открыл Эшсрих, coli — обитатель кишечника, Bacillus anthracis — микроб образует спору, anthracis — возбудитель сибирской язвы, Azolobactcr — микроорганизм, фиксирующий атмосферный азот.

Основной номенклатурной единицей является вид. В. Д. Тимаков (1973) даст следующее определение ему: «Вид — это совокупность микроорганизмов, имеющих единое происхождение и генотип, сходных по морфологическим и биологическим свойствам, обладающих наследственно закрепленной способностью вызывать в среде естественного обитания качественно определенные специфические процессы». Вид подразделяют на подвиды или варианты. При изучении выделенных бактерий часто обнаруживают отклонение от типичных видовых свойств, такую культуру рассматривают как подвид. Имеются также и инфраподвидовые подразделения, которые основаны на отличии особей каким-либо небольшим наследственным признаком: антигенным — серовар, биохимическим — биовар, отношением к фагам — фаговар, патогенностью — патовар и др.

В микробиологии пользуются терминами «штамм» и «клон». Штамм — культура одного и того же вида, выделенная из разных объектов и отличающаяся незначительными изменениями свойств (например, чувствительностью к антибиотикам, ферментацией углеводов и др.). Под термином «культура» понимают микроорганизмы, выращенные на плотной или жидкой питательной среде в условиях лаборатории. Клон — это культура, полученная из одной клетки. Культуру микроорганизмов, полученную из особей одного вида, называют чистой культурой. Смешанной культурой называют смесь неоднородных микроорганизмов, выделенных из исследуемого материала (молока, почвы, воды, патматериала).

В микробиологии существует два различных подхода к систематике, обусловливающие два вида классификации. В основе первого лежит идея создания естественной (филогенетической) классификации прокариот, т. е. построения единой системы, объективно отражающей родственные отношения между разными группами и историю их эволюционного развития. Второй подход к систематике преследует практические цели и служит для идентификации, т. е. установления принадлежности микроорганизма к определенному виду. Это искусственная классификация (традиционная). Современные системы классификации микроорганизмов, по существу, являются искусственными. Этому служат определители, которыми пользуются главным образом при идентификации того или иного микроорганизма. К таким определителям относятся: «Определитель бактерий и актиномицетов» Н. А. Красильникова (1949), «Определитель микробов» Р. А. Циона (1948) и др. К международным определителям бактерий относится «Руководство по систематике бактерий» Д. X. Берги, девятое издание которого вышло в 1984 г. В этом определителе все прокариотические микроорганизмы объединены в царство Procaryotae, которое подразделяется на четыре отдела. Они, в свою очередь, делятся на секции, классы, порядки, семейства, роды, виды.

Отдел I. Gracilicutes (gracilus — тонкий, стройный, cules — кожа). В отдел внесены грамотрицательные микроорганизмы. В отделе девять секций.

Секция 1. Спирохеты. Эти микроорганизмы объединены в порядок Spirochaetales, имеющий два семейства: Spirochaetaceae (четыре рода), Leptospiraceae (один род).

Секция 2. Спиралевидные и изогнутые аэробы (микроаэрофилы). В секции одно семейство — Spirillaceae, в котором шесть родов. Патогенные для человека и животных микроорганизмы имеются в роде Campylobactcr.

Секция 3. В секцию включены грамотрицательные неподвижные изогнутые бактерии. Имеется одно семейство — Spirosomonaceac, в котором три рода. Патогенных среди них нет.

Секция 4. Аэробные грамотрицательные палочки, округлые и кокки. В секции восемь семейств, два — из которых имеют патогенные микроорганизмы. Семейство Pseudomonadaceae имеет четыре рода, более 25 видов, среди которых имеются патогенные (Ps. mallei и др.). Семейство Ncisseriaccae имеет 16 родов. Род Neisseria и Moraxella содержат патогенные для человека и животных микроорганизмы.

В эту секцию включены роды Bordelella, Brucella и Francisella, не имеющие семейств. Роды содержат патогенные микроорганизмы для человека и животных.

Секция 5. Грамотрицательные факультативные анаэробы. В секции три семейства: Enterobacleriaccae, Vibrionaceae и Pasteurellaccae. Семейство Entcrobacteriaceac имеет 14 родов (Escherichia, Salmonella, Citrobacler, Klcbsiella. Enterobacter. Erwinia, Shigclla, Proteus, Yersinia и др.). Семейство Vibrionaceae имеет два рода. В род Vibrio включены патогенные микроорганизмы.

Семейство Pasteurellaceae имеет три основных рода: Pasteurella, Haemophilus и Actinobacillus. Содержат патогенные виды микроорганизмов.

Секция 6. Строгие анаэробы. Изогнутые грамотрицательные палочки. В секции одно семейство — Bacteroidaceae, в котором 13 родов, среди которых имеются патогенные.

Секция 7. В секцию включены диссимилирующие и разлагающие сульфат бактерии. Имеется семь родов, среди которых нет патогенных.

Секция 8. Анаэробные грамотрицательные кокки. В секции одно семейство — Vellonellaceae, в котором три рода.

Секция 9. Риккетсии и хламидии. В секции два порядка: Rickettsiales и Chlamydiales. Порядок Rickettsiales имеет три семейства: Rickettsiaceae, Barlonellaceac и Anaplasmataceae. Семейство Rickettsiaceae имеет три трибы, в которые внесено восемь родов. Семейство Bartonellaceae содержит два рода, a Anaplasmataceae — четыре. Порядок Chlamydiales имеет одно семейство — Chlamydiaceae и один род — Chlamydia. Все семейства содержат патогенные микроорганизмы.

Отдел II. Firmicutes (лат. firmis — крепкий, cutes — кожа). В отдел включены грамположительные кокки, палочки или нити.

Секция 12. Грамположительные кокки. В секции два семейства: Micrococcaceae и Deinococcaceae. Семейство Micrococcaceae имеет четыре рода (Micrococcus, Stomatococcus, Pianococcus, Staphylococcus). В данную секцию кроме указанных двух семейств включено еще 10 самостоятельных родов (Streptococcus, Leuconostos, Pedicoccus, Sarcina и др.).

Секция 13. В секцию включены спорообразующие грамположительные палочки и кокки. В секции тесть родов: Bacillus, Clostridium, Sporolactobacillus, Sporosarcina и др. Первые два рода имеют патогенные виды.

Секция 14. Неспорообразующие грамположительные палочки. В секции представлено семь родов: Lactobacillus, Listeria, Erysipclotrix и др. Имеются патогенные.

Секция 15. Неспорообразующие внутриклеточные грамположительные палочки. В секции представлен 21 род (Corynobacterium, Microbacterium, Propionibacterium, Eubacterium, Acetobacterium, Bifidobacteriurn, Actinonuices и др.).

Секция 16. Микобактсрии. В секции одно семейство — Mycobacterioceae. Семейство имеет один род — Mycobacterium, в котором 49 видов (М.tuberculosis, M.bovis, M.aviurn, М. paratuberculosis, M.lepra и др.).

Секция 17. Nocardioforms. В секции девять родов: Nocardia, Pheodococcus, Pseudonocardia и др.

Отдел III. Tenericutes. В отделе объединены грамотрицательные прокариоты, не имеющие клеточной стенки, имеют цитоплазматическую мембрану. В отделе 10-я секция — микоплазмы. Они объединены в класс Mollicutes (лат. molli — мягкий, cutes — покров, кожа). В классе один порядок — Mycoplasinatales — и три семейства: Mycoplasmataceae, Acholeplasmataceae, Spiroplasmataceae. В основном патогенные микоплазмы включены в семейство Mycoplasmataceae.

Секция 11. Эндосимбионты.

Отдел IV. Mendosicutes. В отдел внесены прокариоты, среди которых нет патогенных бактерий, это метанобразующие, сероокисляющие, галофилы, микоплазмоподобные, термоацидофильные и др.

Лекция № 1 . История развития микробиологии, вирусологии и иммунологии. Предмет, методы, задачи .

1.Введение

Микробиология (от греч. micros- малый, bios- жизнь, logos- учение, т.е. учение о малых формах жизни) - наука, изучающая организмы, неразличимые (невидимые) невооруженным какой- либо оптикой глазом, которые за свои микроскопические размеры называют микроорганизмы (микробы).

Предметом изучения микробиологии является их морфология, физиология, генетика, систематика, экология и взаимоотношения с другими формами жизни.

В таксономическом отношении микроорганизмы очень разнообразны. Они включают прионы, вирусы, бактерии, водоросли, грибы, простейшие и даже микроскопические многоклеточные животные.

По наличию и строению клеток вся живая природа может быть разделена на прокариоты (не имеющие истинного ядра), эукариоты (имеющие ядро) и не имеющие клеточного строения формы жизни. Последние для своего существования нуждаются в клетках, т.е. являются внутриклеточными формами жизни (рис.1).

По уровню организации геномов, наличию и составу белоксинтезирующих систем и клеточной стенки все живое делят на 4 царства жизни: эукариоты, эубактерии, архебактерии, вирусы и плазмиды.

К прокариотам , объединяющим эубактерии и архебактерии, относят бактерии, низшие (сине- зеленые) водоросли, спирохеты, актиномицеты, архебактерии, риккетсии, хламидии, микоплазмы. Простейшие, дрожжи и нитчатые грибы- эукариоты .

Микроорганизмы - это невидимые простым глазом представители всех царств жизни. Они занимают низшие (наиболее древние) ступени эволюции, но играют важнейшую роль в экономике, круговороте веществ в природе, в нормальном существовании и патологии растений, животных, человека.

Микроорганизмы заселяли Землю еще 3- 4 млрд. лет назад, задолго до появления высших растений и животных. Микробы представляют самую многочисленную и разнообразную группу живых существ. Микроорганизмы чрезвычайно широко распространены в природе и являются единственными формами живой материи, заселяющими любые, самые разнообразные субстраты (среды обитания ), включая и более высокоорганизованные организмы животного и растительного мира.

Можно сказать, что без микроорганизмов жизнь в ее современных формах была бы просто невозможна .

Микроорганизмы создали атмосферу, осуществляют круговорот веществ и энергии в природе, расщепление органических соединений и синтез белка, способствуют плодородию почв, образованию нефти и каменного угля, выветриванию горных пород, многим другим природным явлениям.

С помощью микроорганизмов осуществляются важные производственные процессы - хлебопечение, виноделие и пивоварение, производство органических кислот, ферментов, пищевых белков, гормонов, антибиотиков и других лекарственных препаратов.

Микроорганизмы как никакая другая форма жизни испытывает воздействие разнообразных природных и антропических (связанных с деятельностью людей) факторов, что, с учетом их короткого срока жизни и высокой скорости размножения, способствует их быстрому эволюционированию.

Наибольшую печальную известность имеют патогенные микроорганизмы (микробы- патогены) - возбудители заболеваний человека, животных, растений, насекомых. Микроорганизмы, приобретающие в процессе эволюции патогенность для человека (способность вызывать заболевания), вызывают эпидемии , уносящие миллионы жизней. До настоящего времени вызываемые микроорганизмами инфекционные заболевания остаются одной из основных причин смертности, причиняют существенный ущерб экономике.

Изменчивость патогенных микроорганизмов составляет основную движущую силу в развитии и совершенствовании систем защиты высших животных и человека от всего чужеродного (чужеродной генетической информации). Более того, микроорганизмы являлись до недавнего времени важным фактором естественного отбора в человеческой популяции (пример- чума и современное распространение групп крови). В настоящее время вирус иммунодефицита человека (ВИЧ) посягнул на святое святых человека - его иммунную систему.

2. Основные этапы развития микробиологии, вирусологии и иммунологии

1.Эмпирических знаний (до изобретения микроскопов и их применения для изучения микромира).

Джакомо Фракасторо (1546г.) предположил живую природу агентов инфекционных заболеваний- contagium vivum.

2.Морфологический период занял около двухсот лет.

Антони ван Левенгук в 1675г. впервые описал простейших, в 1683г.- основные формы бактерий. Несовершенство приборов (максимальное увеличение микроскопов X300) и методов изучения микромира не способствовало быстрому накоплению научных знаний о микроорганизмах.

3.Физиологический период (с 1875г.)- эпоха Л.Пастера и Р.Коха.

Л.Пастер- изучение микробиологических основ процессов брожения и гниения, развитие промышленной микробиологии, выяснение роли микроорганизмов в кругообороте веществ в природе, открытие анаэробных микроорганизмов, разработка принципов асептики, методов стерилизации, ослабления (аттенуации) вирулентности и получения вакцин (вакцинных штаммов).

Р.Кох- метод выделения чистых культур на твердых питательных средах, способы окраски бактерий анилиновыми красителями, открытие возбудителей сибирской язвы, холеры (запятой Коха ), туберкулеза (палочки Коха), совершенствованиетехники микроскопии. Экспериментальное обоснование критериев Хенле, известные как постулаты (триада) Хенле - Коха.

4.Иммунологический период.

И.И.Мечников- “поэт микробиологии” по образному определению Эмиля Ру. Он создал новую эпоху в микробиологии - учение о невосприимчивости (иммунитете), разработав теорию фагоцитоза и обосновав клеточную теорию иммунитета.

Одновременно накапливались данные о выработке в организме антител против бактерий и их токсинов, позволившие П.Эрлиху разработать гуморальную теорию иммунитета. В последующей многолетней и плодотворной дискуссии между сторонниками фагоцитарной и гуморальной теорий были раскрыты многие механизмы иммунитета и родилась наука иммунология .

В дальнейшем было установлено, что наследственный и приобретенный иммунитет зависит от согласованной деятельности пяти основных систем: макрофагов, комплемента, Т- и В- лимфоцитов, интерферонов, главной системы гистосовместимости, обеспечивающих различные формы иммунного ответа. И.И.Мечникову и П.Эрлиху в 1908г. была присуждена Нобелевская премия.

12 февраля 1892г. на заседании Российской академии наук Д.И.Ивановский сообщил, что возбудителем мозаичной болезни табака является фильтрующийся вирус. Эту дату можно считать днем рождения вирусологии , а Д.И.Ивановского- ее основоположником. Впоследствии оказалось, что вирусы вызывают заболевания не только растений, но и человека, животных и даже бактерий. Однако только после установления природы гена и генетического кода вирусы были отнесены к живой природе.

5. Следующим важным этапом в развитии микробиологии стало открытие антибиотиков . В 1929г. А.Флеминг открыл пенициллин и началась эра антибиотикотерапии, приведшая к революционному прогрессу медицины. В дальнейшем выяснилось, что микробы приспосабливаются к антибиотикам, а изучение механизмов лекарственной устойчивости привело к открытию второго- внехромосомного (плазмидного) генома бактерий.

Изучение плазмид показало, что они представляют собой еще более просто устроенные организмы, чем вирусы, и в отличии от бактериофагов не вредят бактериям, а наделяют их дополнительными биологическими свойствами. Открытие плазмид существенно дополнило представления о формах существования жизни и возможных путях ее эволюции.

6. Современный молекулярно- генетический этап развития микробиологии, вирусологии и иммунологии начался во второй половине 20 века в связи с достижениями генетики и молекулярной биологии, созданием электронного микроскопа.

В опытах на бактериях была доказана роль ДНК в передаче наследственных признаков. Использование бактерий, вирусов, а затем и плазмид в качестве объектов молекулярно- биологических и генетических исследований привело к более глубокому пониманию фундаментальных процессов, лежащих в основе жизни. Выяснение принципов кодирования генетической информации в ДНК бактерий и установление универсальности генетического кода позволило лучше понимать молекулярно- генетические закономерности, свойственные более высоко организованным организмам.

Расшифровка генома кишечной палочки сделало возможным конструирование и пересадку генов. К настоящему времени генная инженерия создала новые направления биотехнологии .

Расшифрованы молекулярно- генетическая организация многих вирусов и механизмы их взаимодействия с клетками, установлены способность вирусной ДНК встраиваться в геном чувствительной клетки и основные механизмы вирусного канцерогенеза.

Подлинную революцию претерпела иммунология, далеко вышедшая за рамки инфекционной иммунологии и ставшая одной из наиболее важных фундаментальных медико-биологических дисциплин. К настоящему времени иммунология- это наука, изучающая не только защиту от инфекций. В современном понимании иммунология- это наука, изучающая механизмы самозащиты организма от всего генетически чужеродного, поддержании структурной и функциональной целостности организма.

Иммунология в настоящее время включает ряд специализированных направлений, среди которых, наряду с инфекционной иммунологией, к наиболее значимым относятся иммуногенетика, иммуноморфология, трансплантационная иммунология, иммунопатология, иммуногематология, онкоиммунология, иммунология онтогенеза, вакцинология и прикладная иммунодиагностика.

Микробиология и вирусология как фундаментальные биологические науки также включают ряд самостоятельных научных дисциплин со своими целями и задачами: общую, техническую (промышленную), сельскохозяйственную, ветеринарную и имеющую наибольшее значение для человечества медицинскую микробиологию и вирусологию.

Медицинская микробиология и вирусология изучает возбудителей инфекционных болезней человека (их морфологию, физиологию, экологию, биологические и генетические характеристики), разрабатывает методы их культивирования и идентификации, специфические методы их диагностики, лечения и профилактики.

7.Перспективы развития .

На пороге XXI века микробиология, вирусология и иммунология представляют одно из ведущих направлений биологии и медицины, интенсивно развивающееся и расширяющее границы человеческих знаний.

Иммунология вплотную подошла к регулированию механизмов самозащиты организма, коррекции иммунодефицитов, решению проблемы СПИДа, борьбе с онкозаболеваниями.

Создаются новые генно-инженерные вакцины, появляются новые данные об открытии инфекционных агентов - возбудителей “соматических” заболеваний (язвенная болезнь желудка, гастриты, гепатиты, инфаркт миокарда, склероз, отдельные формы бронхиальной астмы, шизофрения и др.).

Появилось понятие о новых и возвращающийся инфекциях (emerging and reemerging infections). Примеры реставрации старых патогенов- микобактерии туберкулеза, риккетсии группы клещевой пятнистой лихорадки и ряд других возбудителей природноочаговых инфекций. Среди новых патогенов- вирус иммунодефицита человека (ВИЧ), легионеллы, бартонеллы, эрлихии, хеликобактер, хламидии (Chlamydia pneumoniae). Наконец, открыты вироиды и прионы - новые классы инфекционных агентов.

Вироиды - инфекционные агенты, вызывающие у растений поражения, сходные с вирусными, однако эти возбудители отличаются от вирусов рядом признаков: отсутствием белковой оболочки (голая инфекционная РНК), антигенных свойств, одноцепочечной кольцевой структурой РНК (из вирусов - только у вируса гепатита D), малыми размерами РНК.

Прионы (proteinaceous infectious particle- белкоподобная инфекционная частица) представляют лишенные РНК белковые структуры, являющиеся возбудителями некоторых медленных инфекций человека и животных, характеризующихся летальными поражениями центральной нервной системы по типу губкообразных энцефалопатий - куру, болезнь Крейтцфельдта - Якоба, синдром Герстманна- Страусслера- Шайнкера, амниотрофический лейкоспонгиоз, губкообразная энцефалопатия коров (коровье “бешенство”), скрепи у овец, энцефалопатия норок, хроническая изнуряющая болезнь оленей и лосей. Предполагается, что прионы могут иметь значение в этиологии шизофрении, миопатий. Существенные отличия от вирусов, прежде всего отсутствие собственного генома, не позволяют пока рассматривать прионы в качестве представителей живой природы.

3. Задачи медицинской микробиологии.

К ним можно отнести следующие:

1.Установление этиологической (причинной) роли микроорганизмов в норме и патологии.

2.Разработка методов диагностики, специфической профилактики и лечения инфекционных заболеваний, индикации (выявления) и идентификации (определения) возбудителей.

3. Бактериологический и вирусологический контроль окружающей среды, продуктов питания, соблюдения режима стерилизации и надзор за источниками инфекции в лечебных и детских учреждениях.

4.Контроль за чувствительностью микроорганизмов к антибиотикам и другим лечебным препаратам, состоянием микробиоценозов (микрофлорой) повехностей и полостей тела человека.

4.Методы микробиологической диагностики.

Методы лабораторной диагностики инфекционных агентов многочисленны, к основным можно отнести следующие.

1. Микроскопический- с использованием приборов для микроскопии. Определяют форму, размеры, взаиморасположение микроорганизмов, их структуру, способность окрашиваться определенными красителями.

К основным способам микроскопии можно отнести световую микроскопию (с разновидностями- иммерсионная, темнопольная, фазово - контрастная, люминесцентная и др.) и электронную микроскопию. К этим методам можно также отнести авторадиографию (изотопный метод выявления).

2.Микробиологический (бактериологический и вирусологический) - выделение чистой культуры и ее идентификация.

3.Биологический - заражение лабораторных животных с воспроизведением инфекционного процесса на чувствительных моделях (биопроба).

4.Иммунологический (варианты - серологический, аллергологический) - используется для выявления антигенов возбудителя или антител к ним.

5.Молекулярно- генетический – ДНК - и РНК- зонды, полимеразная цепная реакция (ПЦР) и многие другие.

Заключая изложенный материал, необходимо отметить теоретическое значение современной микробиологии, вирусологии и иммунологии. Достижения этих наук позволили изучить фундаментальные процессы жизнедеятельности на молекулярно- генетическом уровне. Они обусловливают современное понимание сущности механизмов развития многих заболеваний и направления их более эффективного предупреждения и лечения.

Лекция № 2 . Систематика и морфология микроорганизмов.

1. Систематика микроорганизмов.

Систематика- распределение микроорганизмов в соответствии с их происхождением и биологическим сходством. Систематика занимается всесторонним описанием видов организмов, выяснением степени родственных отношений между ними и объединением их в различные по уровню родства классификационные единицы- таксоны. Основные вопросы, решаемые при систематике (три аспекта, три кита систематики)- классификация, идентификация и номенклатура.

Классификация- распределение (объединение) организмов в соответствии с их общими свойствами (сходными генотипическими и фентипическими признаками) по различным таксонам.

Таксономия- наука о методах и принципах распределения (классификации) организмов в соответствии с их иерархией. Наиболее часто используют следующие таксономические единицы (таксоны)- штамм, вид, род. Последующие более крупные таксоны- семейство, порядок, класс.

В современном представлении вид в микробиологии - совокупность микроорганизмов, имеющих общее эволюционное происхождение, близкий генотип (высокую степень генетической гомологии, как правило более 60%) и максимально близкие фенотипические характеристики.

Нумерическая (численная) таксономия основывается на использовании максимального количества сопоставляемых признаков и математическом учете степени соответствия. Больщое число сравниваемых фенотипических признаков и принцип их равной значимости затрудняло классификацию.

При изучении, идентификации и классификации микроорганизмов чаще всего изучают следующие (гено- и фенотипические) характеристики:

1.Морфологические- форма, величина, особенности взаиморасположения, структура.

2.Тинкториальные- отношение к различным красителям (характер окрашивания), прежде всего к окраске по Граму . По этому признаку все микроорганизмы делят на грамположительные и грамотрицательные .

Морфологические свойства и отношение к окраску по Граму позволяют как правило отнести изучаемый микроорганизм к крупным таксонам- семейству, роду.

3.Культуральные- характер роста микроорганизма на питательных средах.

4.Биохимические- способность ферментировать различные субстраты (углеводы, белки и аминокислоты и др.), образовывать в процессе жизнедеятельности различные биохимические продукты за счет активности различных ферментных систем и особенностей обмена веществ.

5.Антигенные- зависят преимущественно от химического состава и строения клеточной стенки, наличия жгутиков, капсулы, распознаются по способности макроорганизма (хозяина) вырабатывать антитела и другие формы иммунного ответа, выявляются в иммунологических реакциях.

6.Физиологические- способы углеводного (аутотрофы, гетеротрофы) , азотного (аминоавтотрофы, аминогетеротрофы) и других видов питания, тип дыхания (аэробы, микроаэрофилы, факультативные анаэробы, строгие анаэробы) .

7.Подвижность и типы движения.

8.Способность к спорообразованию , характер спор.

9.Чувствительность к бактериофагам, фаготипирование.

10.Химический состав клеточных стенок- основные сахара и аминокислоты, липидный и жинокислотный состав.

11.Белковый спектр (полипептидный профиль).

12.Чувствительность к антибиотикам и другим лекарственным препаратам.

13.Генотипические (использование методов геносистематики).

В последние десятилетия для классификации микроорганизмов, помимо их фенотипических характеристик (см. пп.1- 12), все более широко и эффективно используются различные генетические методы (изучение генотипа- генотипических свойств). Используются все более совершенные методы- рестрикционный анализ, ДНК- ДНК гибридизация, ПЦР, сиквенс и др. В основе большинства методов лежит принцип определения степени гомологии генетического материала (ДНК, РНК). При этом чаще исходят из условного допущения, что степень гомологии более 60% (для некоторых групп микроорганизмов- 80%) свидетельствует о принадлежности микроорганизмов к одному виду (различные генотипы - один геновид), 40- 60%- к одному роду.

Идентификация.

Основные фено- и генотипические характеристики, используемые для классификации микроорганизмов, используются и для идентификации, т.е. установления их таксономического положения и прежде всего видовой принадлежности- наиболее важного аспекта микробиологической диагностики инфекционных заболеваний. Идентификация осуществляется на основе изучения фено- и генотипических характеристик изучаемого инфекционного агента и сравнения их с характеристиками известных видов. При этой работе часто применяют эталонные штаммы микроорганизмов, стандартные антигены и иммунные сыворотки к известным прототипным микроорганизмам. У патогенных микроорганизмов чаще изучают морфологические, тинкториальные, культуральные, биохимические и антигенные свойства.

Номенклатура- название микроорганизмов в соответствии с международными правилами. Для обозначения видов бактерий используют бинарную латинскую номенклатуру род/вид, состоящую из названия рода (пишется с заглавной буквы) и вида (со строчной буквы). Примеры- Shigella flexneri, Rickettsia sibirica.

В микробиологии часто используется и ряд других терминов для характеристики микроорганизмов.

Штамм - любой конкретный образец (изолят) данного вида. Штаммы одного вида, различающиеся по антигенным характеристикам, называют серотипами (серовариантами- сокращенно сероварами) , по чувствительности к специфическим фагам- фаготипами , биохимическим свойствам- хемоварами , по биологическим свойствам- биоварами и т.д.

Колония - видимая изолированная структура при размножении бактерий на плотных питательных средах, может развиваться из одной или нескольких родительских клеток. Если колония развилась из одной родительской клетки, то потомство называется клон.

Культура - вся совокупность микроорганизмов одного вида, выросших на плотной или жидкой питательной среде.

Основной принцип бактериологической работы- выделение и изучение свойств только чистых (однородных, без примеси посторонней микрофлоры) культур .

Название микроорганизмам присваиваются в соответствии с правилами Международного кодекса номенклатуры бактерий Д.Берджи (1984).

В микробиологии, как и в биологии, для обозначения вида бактерий принята двойная (бинарная) номенклатура, предложенная еще в XVIIIв К.Линяеем. Первое слово пишется с прописной латинской буквы и обозначает род, характеризующий какой-либо морфологический или физиологический признак либо фамилию ученого, открывшего этот микроб. Второе слово - вид - пишется со строчной буквы и представляет собой производное от существительного, дающего описание цвета колонии, источника происхождения микроорганизма, вызываемого им процесса или болезни и некоторые другие отличительные признаки. Например, Escherichia coli указывает, что микроб открыл Эшерих, соli - обитатель кишечника; Bacillus anthracis - микроб образует спору, anthracis - возбудитель сибирской язвы. Azotobacter - микроорганизм, фиксирующий атмосферный азот.

Основной номенклатурной единицей является вид. В.Д.Тимаков (1973) дает ему следующее определение; «Вид - это совокупность микроорганизмов, имеющих единое происхождение и генотип, сходных по морфологическим и биологическим свойствам, обладающих наследственно закрепленной способностью вызывать в среде естественного обитания качественно определенные специфические процессы». Вид подразделяется на подвиды или варианты. При изучении выделенных бактерий часто обнаруживают отклонения от типичных видовых свойств, такую культуру рассматривают как подвид. Имеются также и инфраподищноеые подразделения, которые основаны на отличии особей каким-либо небольшим наследственным признаком: антигенным - серовар, биохимическим-биовар, отношением к фагам - фаговар, патогенностью - патовар и др.

Введение в слова общей части «вар» (вариант) рекомендовано во избежание возможных недоразумений, ранее применявшийся термин «тип» использован для обозначения номенклатурного типа.

В микробиологии используют термин «штамм» и «клон». Штамм - культура одного и того же вида, выделенная из разных объектов и отличающаяся незначительными изменениями свойств (например, чувствительностью к антибиотикам, ферментацией углеводов и др.). Под термином «культура» понимают микроорганизмы, выращенные на плотной или жидкой питательной среде в условиях лаборатории. Клон - это культура, полученная из одной клетки. Культуру микроорганизмов, содержащую особи одного вида, называют чистой культурой. Смешанной культурой называют взвесь, содержащую различные виды микроорганизмов, выделенных из исследуемого материала (молока, мяса, почвы, воды).

В микробиологии существует два различных подхода к систематике, обуславливающие два вида классификации. В основе первого лежит идея создания естественной (филогенетической) классификации прокариот, то есть построения единой системы, объективно отражающей родственные отношения между разными группами и историю их эволюционного развития. Второй подход к систематике преследует практические цели и служит для идентификации, то есть установления принадлежности микроорганизма к определенному виду. Это искусственная классификация (традиционная). Современные системы классификации микроорганизмов, по существу, являются искусственными. Этому служат определители, которыми пользуются главным образом при идентификации того или иного микроорганизма. К таким определителям относятся: «Определитель бактерий и актиномицетов» Н.Л.Красильникова (1949), «Определитель микробов» РА.Циона (1948) и др. К международным определителям бактерий относится «Руководство по систематике бактерий» Д.Х.Берджи, девятое издание которого вышло в 1997г. В этом определителе все прокариотические микроорганизмы объединены в царство Procaryotae (Murray,1968), которое подразделяется на четыре отдела. Они, в свою очередь, делятся на секции, классы, порядки, семейства, роды, виды.

Контрольные вопросы: